自动洗瓶机是功能强大的设备，所以什么玻璃器皿都能洗吗？
由于自动清洗机一次可以将大批量相同/相近规格的玻璃器皿清洗干净，例如大型自动洗瓶机可以一次清洗300个或更多的培养皿，1000只以上的试管，或者几十个容量瓶。考虑到实验室的玻璃器皿有不同的结构、尺寸和容量，如果能够将玻璃器皿进行适当的分类，选配合适的装置支架，这样才能够最大程度的发挥自动清洗机的强大的清洗能力。
有些形状复杂或者细小的器皿或零部件，使用其它的清洗方式，例如超声波，可能效率更高、效果更好。
如果残留物中含有遇热会凝固的蛋白质，使用自动清洗机时需要特别的小心，需要在室温下先将蛋白质清洗干净，然后再加热清洗。但仍然存在蛋白质凝固后粘附在设备内表面或器件表面的可能性，清理起来非常麻烦。类似的情况还有非常粘附的聚合物等。在这种情况下，适当的预处理可能是必须的。
另外，受制于清洗设备和水基清洗剂适用范围的限制，某些水基清洗剂无法湿润渗透或溶解的难溶性残留物，例如某些试验需要用到强氧化性酸高温消解样品时残留的复杂的难溶物，无法通过自动清洗机清洗干净。
自动清洗机清洗能力强大，有压力、喷淋和循环，也需要配置专业的清洗液。
设计良好的自动清洗机拥有强大的循环泵和精心设计的喷嘴，可以将清洗溶液均匀和持续不断的喷射到器件表面，以去除残留物。通过热量、水本身对残留物的溶解能力和喷射压力，的确可以清洗掉很多残留物。但是，由于水的表面张力很大，对于一些微小的颗粒和难溶于水的有机物，纯水的清洗能力有限。由于自动清洗机的循环、喷淋等作用，普通的清洗剂含有表面活性剂，会形成大量的泡沫。这些泡沫一方面会溢出来，另一方面也有可能导致循环泵的损坏，所以自动清洗机只能使用无泡沫或低泡沫的清洗剂。专用的清洗剂不仅含有碱或酸，还有螯合剂、络合剂等多种活性物质，通过这些活性物质的协同作用，更好的溶解和分散残留物。另外，清洗溶液不仅要有去除残留物的清洗能力，还不能损坏设备的表面和管路。设备厂商在推荐清洗剂时，都经过细致的测试与评估，确认满足各方面的条件才可以使用。自己配制，由于不了解设备的材料特性，很容易导致设备损坏，将会得不偿失。选择稳定高质量的专用清洗剂，不仅能够最大限度的发挥设备的潜力，延长设备的使用寿命，还能最大程度的确保清洗工艺的稳定性和可重复性。
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